مبول فرا خواندند، و این امر به شکاف بیشتر ارتش کمک کرد، و دامنة شورش ینی‌چری بالا گرفته شیرازة امور سیاسی را در معرض از هم‌پاشیدن قرار داد، آشوب چند ماه ادامه یافت، سرانجام بایزید تسلیم ینی‌چری شده سلیم را به پایتخت فرا خواند، و سلطنت را به او تفویض کرده خود کناره گرفت، تا بقیة عمرش را دور از پایتخت بگذراند، او به ارادة خود یا به خواست سلیم – که اینک سلطان شده بود – با عده‌ئی از خدمت‌کاران و ندیمانش راهی دیمه‌توقه در بالکان شد، ولی پیش از آن که به محل برسد، در اثر تشدید بیماری یا در اثر خوردن زهر درگذشت (بهار 891 خ).
خلیفه‌های شاه اسماعیل در زمان بایزید دوم به عناوین گوناگون در آناتولی فعالیت می‌کردند، و قزلباشان را به ایران کوچ می‌دادند، نورعلی خلیفه (از تاتارهای آناتولی) حاکم ارزنجان و یکی از خلفای برجستة شاه اسماعیل بود، و این فعالیت‌ها را رهبری می‌کرد، چونکه ارزنجان در همسایگی ترابزون – محل حاکمیت سلیم در زمان بایزید دوم – قرار داشت، اقدامات تحریک‌انگیز نورعلی خلیفه باعث خشم سلیم شد، سلیم به ارزنجان لشکر کشیده آن ناحیه را گرفت و کارگزاران قزلباش را از منطقه بیرون کرد، و به پسرش سلیم فرمان داد که زمین‌های ایران را تخلیه کند(3). وقتی اوضاع سیاسی عثمانی در اثر رقابت قدرت پسران بایزید آشفته گردید، شاه اسماعیل به وسیلة خلفایش بکتاشی‌های آناتولی را تشویق به شورش کرد.
حسن خلیفه – رئیس خانقاه بکتاشی انتالیه در جنوب آناتولی – از خلفای شیخ حیدر و شاه اسماعیل بود، و در روستائی نزدیکی انتالیه می‌زیست، و در میان بکتاشی‌‌های آناتولی نفوذ بسیار داشت، او طریقت صوفی‌گری درپیش گرفته بود، و بیشتر اوقاتش را در غاری در نزدیکی روستایش می‌گذراند، این غار خانة اسرار و محل تجمع مریدان شاه اسماعیل بود، زهد و ریاضت ظاهری حسن خلیفه توجه بایزید دوم را به خود جلب کرد، و باعث شد که سلطان هدایائی را برای او بفرستد، حسن خلیفه در آناتولی خلیفه‌های بسیار داشت که در میان قبایل تاتار برایش تبلیغ می‌کردند، و در عمل برای شاه اسماعیل پیرو به دست می‌آوردند، او پسری داشت که نامش را شاهقُلی نهاده بود، شاهقلی همیشه در کنار پدرش بود، و منصب خلیفة اول او را داشت.
در اوایل سال 889 و در اوج رقابت سیاسی پسران بایزید دوم که قورقود از انتالیه خارج شد، شاهقلی مریدان پدرش را به انتالیه فرا خواند، و به روال کار قزلباشان صفوی قیام کرد تا قدرت را در عثمانی قبضه کند، او انتالیه را گرفت و همانگونه که قزلباشان در ایران می‌کردند، علما و بزرگان شهر را گرفته کشتار کرد و بسیاری از خانه‌ها را نذر آتش کرد و دست به تاراج اموال مردم گشود، او همچنین کاروان حامل خزائن و اموال قورقود را که به سوی مانیسه حرکت می‌کرد مورد دستبرد قرار داد، و کلیة اموال قورقود را تاراج کرده میان مریدانش تقسیم کرد و کاروانیان را به قتل آورد، او سپس راهی کوتاهیه در غرب آناتولی شد، و آبادی‌های سر راه را مورد تعرض و تجاوز قرار داده دست به چپاول و کشتار و انهدام گشود، یک لشکر عثمانی در نزدیکی کوتاهیه به مقابلة او شتافت، ولی از او شکست یافت و فرماندهش به دست شاهقلی کشته شد، شاهقلی در اردیبهشت 890 کوتاهیه را به محاصره گرفت، ولی متوجه شد که دفاع شهر مستحکم است، و او ابراز کافی برای شهرگشائی در اختیار ندارد، لذا از محاصره دست کشید و راهی بورسا در منتهاالیه غرب آناتولی شد، لشکر دیگری که برای متوقف‌ساختن او گسیل شده بود نیز مغلوب و متواری گردید، در این زمان صدر اعظم عثمانی شخصاً در رأس یک سپاه عظیم به مقابلة شاهقلی حرکت کرد، شاهقلی از برابر این سپاه عقب نشسته به کوتاهیه برگشت، و از آنجا روانة قره‌مان شد، و حاکم قونیه را که با نیروئی به مقابلة وی بیرون شده بود شکست داده کشت و قونیه را تاراج و مردم شهر را کشتار کرد و دست به تخریب و آتش‌سوزی زد، او سپس راهی سیواس شد و بسیاری از آبادی‌های شرق آناتولی که بر سر راهش بودند را تخریب کرد، و شمار بسیاری از کارگزاران دولت عثمانی را از میان برداشت، در تیرماه 890 وزیر اعظم در نقطه‌ئی بین قیصریه و سیواس با شاهقلی درگیر شد، در نبرد سختی که میان دو طرف درگرفت تلفات سنگینی بر سپاه صدر اعظم وارد شد، ولی سرانجام در قزلباشان شکست افتاد، و شاهقلی با افرادش فرار کردند، وزیر اعظم به هنگام تعقیب قزلباشان به دام آنها افتاد و کشته شد، شاهقلی نیز کشته گردید، ولی قزلباشان به فرارشان به ادامه داده وارد ایران شدند، آنان در نزدیکی ارزنجان به یک کاروان تجارتی برخوردند که از تبریز راهی آناتولی بود، (به احتمال زیاد حامل اموال تاراج‌شدة ایران بود که توسط ونیزیها به اروپا برده می‌شد)، آنها این کاروان را مورد حمله قرار داده تاراج کردند، و بازرگان را که پانصد تن بودند با تمامی بارکش‌ها و نوکرها کشتند.
این قزلباشان می‌خواستند به خدمت ولی امرشان شاه اسماعیل برسند، در آن هنگام شاه اسماعیل هنوز در خراسان بود، اینها مدتی در آذربایجان سرگردان ماندند، تا شاه اسماعیل از خراسان برگشت و در شهریار (نزدیک شهر ری) به حضور او رسیدند، شاه اسماعیل در این زمان با کوله‌باری از نخوت و غرور و با کاسة جمجمة شیبک خان به ایران مرکزی برگشته بود تا مراسم پیروزیش را جشن بگیرد، او امیدوار بود که خلیفه‌هایش در آناتولی نیز به پیروزی‌های مشابهی دست یافته باشند، ولی وقتی از آنها شنید که از برابر دشمن «سنی» شکست یافته گریخته اند، نسبت به آنها با خشونت رفتار کرد؛ دو نفر از رهبران‌شان به دستور او در دیگ جوشاب افکنده شدند، و چند تن دیگر را گردن زدند، او بقیة اینها را میان امرای قزلباش تقسیم کرد تا به عنوان خدمت‌گزار و نه سرباز در ارتش قزلباش به خدمت ادامه دهند.
شاه اسماعیل سپس به نورعلی خلیفه – والی ارزنجان – فرمان فرستاد که قزلباشان آناتولی را بشوراند و آناتولی را بگیرد، نورعلی خلیفه یکی از خلفای شاه اسماعیل که عیسا خلیفه نام داشت را برای رهبری شورش مورد نظر انتخاب کرد، این شورش در اوج اختلاف سلیم با پدرش به نحو دامنه‌داری با شرکت شمار بسیاری از جنگندگان قبایل آناتولی (افشار، وارساق، قره‌مان، تکه‌لو، حمیدلو، بوزوقلو، و طورقود) در مناطق سیواس و چوروم و طوقات آغاز شد.
در این میان سلطان سلیم به سلطنت نشست، برادرش احمد دو پسر خویش – مراد و قاسم – را به ایران فرستاد، و از شاه اسماعیل تقاضای کمک کرد تا سلطنت را از سلیم بستاند، ظاهراً مراد در این سفر به شاه اسماعیل قول داد که شیعه شود، زیرا شاه اسماعیل در پاسخ به درخواست احمد به نورعلی خلیفه فرمان فرستاد که از مراد پسر احمد حمایت کند و او را به عنوان سلطان عثمانی به رسمیت بشناسد، مراد که به یاوری شاه اسماعیل گرم‌پُشت بود همینکه به آناتولی برگشت خودش را سلطان خواند، و پدرش را تشویق کرد که به ملاطیه منتقل شود، عیسی خلیفه با قزلباشانش به دس