ده بقایای بزرگان شهر بازداشت و در بند کرده شدند، تا شاه اسماعیل خودش در بارة آنها تصمیم بگیرد.
شاه اسماعیل در آذرماه 889 وارد هرات شد، و «حکم ولائی» برای کشتار و انهدام و تاراج صادر کرد، مولانا تفتازانی که بزرگترین فقیه جهان اسلام در زمان خودش به شمار می‌رفت، و برترین مرجع دینی سنی‌های خراسان و سیستان و ماوراءالنهر و هندوستان و عثمانی، و حتی مرجع دینی بایزید دوم و دولتمردان عثمانی بود، در آن وقت در بند قلی جان بود، شاه اسماعیل وی را به حضور خواست و به او حکم کرد که تبرا کند و دست از «مذهب باطل» بکشد، چون مولانا حاضر نبود، به فرمان مردی گردن نهد که به نظر او از اسلام بیگانه بود، شاه اسماعیل دستور داد وی را آرام آرام قطعه قطعه کردند، تا چندین ساعت در زیر شکنجه بماند و مردم شهر تماشاگر شکنجه‌های جسد مولانا را نیز به آتش کشیدند، و خاکسترش را در کوچه‌ها پراکندند تا لگدکوب عوام گردد، کشتار مردم و انهدام مساجد و مدارس و بناهای تاریخی در هرات چندین روز ادامه داشت، و چنان شد که هرات به یک مخروبه تبدیل گردید، مقابر بزرگی که در هرات خفته بودند شکافته گردید و اجسادشان از گورها برآورده شده به آتش کشیده شد، لاشه‌های خواجه‌های بزرگ هرات را نیز از گورها برآورده پراکندند، جامی (عارف بزرگ تاریخ ایران) نیز از جمله بزرگانی بود که گنبدش منهدم گردید و جسدش از گور برآورده شد، و به جرم سنی‌بودن به او تازیانه زدند، و استخوان‌هایش را در بیابان پراکندند.
شاه اسماعیل چهار ماه در هرات ماند، و اموالی که در خانه‌های زنده‌ماندگان هرات باقی مانده بود مصادره می‌شد، شاه اسماعیل شنیده بود که استاد بهزاد از شیعیان هرات است، از این رو وقتی او را دستگیر کردند وی را مورد بخشایش قرار داد و نزد خود نگاه داشت، کاسة سر شیبک خان را شاه اسماعیل به زرگران هراتی سپرد، و آنها دستور داد که از آن یک جام باده بسازند، این جام که موسوم به کاسه جمجمه شد از آن پس ندیم دائمی شاه اسماعیل بود، و او تا آخر عمرش در همة مجالس و محافل میگساریش باده در این جام می‌نوشید، و یاد پیروزیش بر شاه نیرومند سنی را همواره زنده نگاه می‌داشت.
در اوائل سال 890 شاه اسماعیل از هرات بیرون شده شکارکنان و غارتگران تا میهنه و فاریاب و شرق خراسان پیش رفت، و در بلخ و دیگر شهرها قتل‌ها و تخریب‌ها تکرار گردید، او سپس هرات و مرو را به عنوان تیول به حسین بیک لله بخشید، و بلخ و خراسان شرقی را به بیرام بیک قره‌مانی داد، او همچنین مردی به نام میر غیاث الدین از بقایای عرب‌های فارسی‌زبان خراسان را که سید و شیعه بود به ریاست دستگاه دینی خراسان منصوب کرد، و خراسان را به قصد ایران مرکزی ترک گفت، تا بقایای آبادی‌های ایران را که هنوز دستش به آن نرسیده بود به تاراج دهد و تخریب کند، و آثار فرهنگی و عناصر مادی تمدن ایرانی را منهدم سازد، از آنجا که نمونه‌های سیاهکاری قزلباشان در بسیاری از شهرها و آبادی‌های ایران را بیان کرده ام، نمی‌خواهم با بازگوئی موارد دیگری که در بازگشت شاه اسماعیل از هرات تکرار شد خواننده را خسته و دل‌آزرده کنم.
به دنبال قتل شیبک خان ازبک، ظهیر الدین بابر تیموری که در کابل مستقر بود به سغد لشکر کشید و سمرقند را متصرف شد، بابر فرزند میرزا عمر شیخ از نوادگان تیمور بود، پدرش حاکمیت فرغانه را در دست داشت، و قلمروش سمرقند و بخارا دربر می‌گرفت، شیبک خان این سرزمین‌ها را در سال 880 از دست بابر گرفته بود، بابر پس از آن با سپاهش به کابل رفته آن شهر را گرفته در آنجا تشکیل حاکمیت داده بود، و در صدد بازگرفتن سغد (ماوراءالنهر) برآمده بود، ولی ناکام مانده بود، او سرانجام پس از کشته‌شدن شیبک خان به این هدف دست یافت، لیکن پیروزی بابر چندان دیری نپائید، عبیدالله خان برادرزادة شیبک خان خود را وارث عمویش اعلام داشت، و با برخورداری از حمایت امرای ازبک در بهار 891 به جنگ بابر شتافت، بابر چونکه با شاه اسماعیل دست دوستی داده بود در ترکان ماورءالنهر چندان مقبولیت نیافت؛ زیرا که شاه اسماعیل در خراسان چندان جنایت کرده بود که همة مردم خراسان از او نفرتی چندش‌آور داشتند؛ و بابر نیز به علت رابطه به شاه اسماعیل مورد نفرت واقع شد، او در جنگ با عبیدالله خان شکست یافته به حصار شادمان در نزدیکی بلخ پناه برد، و از آنجا دست به دامن حاکم قزلباش بلخ شد، حاکم بلخ مراتب را به شاه اسماعیل گزارش فرستاد، شاه اسماعیل که در آن هنگام در نواحی مرکزی ایران مشغول شکار و عشرت بود، یک لشکر قزلباش را به فرماندهی نائب السلطنه اش که اینک امیر نجم ثانی بود، (و او را پائین‌تر خواهیم شناخت) به یاری او گسیل کرد، و به حسین بیک لله و بیرام بیک قره‌مانی دستور فرستاد که به امیر نجم بپیوندند.
قزلباشان در تیرماه 891 از جیحون گذشته قلعة خراز در نزدیکی بخارا را در محاصره گرفتند، بابر با سپاهش همراه قزلباشان بود، و امید داشت که ماوراءالنهر را قزلباشان برای بگیرند، بابر با حاکم قلعه مذاکره کرد و قلعه بدون مقاومتی تسلیم او شد، قزلباشان در اینجا نیز اعراف سیاسی و نظامی را زیرپا گذاشتند، و بدون توجه به نظر بابر حاکم را دستگیر کرده به جرم سنی‌بودن کشتند، و بر افرادش که در قلعه بودند تیغ گشوده همه را به قتل آوردند، آنها سپس قلعة قرشی در منطقة خراز را محاصره کردند و بعد از مدتی گشودند، امیر نجم دستور قتل عام مردم خراز را صادر کرد، بابر نزد او پا در میانی کرد که جمعیت خراز رعایای اویند، و او نمی‌تواند بر رعایای خودش تیغ بگشاند، بلکه وظیفه دارد که از آنها حمایت کند، ولی نجم قزلباش که تشنة خونریزی بود و نمی‌توانست هیچ انسان سنی را زنده ببیند، به تقاضای او توجهی نکرد، در خراز کسانی وجود داشتند که می‌گفتند از سادات عرب تبار و علوی هستند، چند تن از اینها به نزد میر غیاث الدین (صدر قزلباشان در خراسان) رفته گفتند: تو عرب هستی و ما نیز عربیم، تو از اولاد پیامبری و ما نیز از اولاد پیامبریم، ما و تو عموزادگان یکدیگریم، بر ایمان نزد امیر نجم شفاعت کن تا از خونمان درگذرد، وقتی غیاث الدین با امیر نجم در بارة این سیدها سخن گفت، امیر نجم پاسخ داد که مگر می‌شود که یک نفر شیعه نباشد، و از اولاد پیامبر باشد و ادعای سیادت کند؟ سنی‌ها همه‌شان دشمن اولاد پیامبرند، و اینها که می‌گویند سیدند دروغ می‌گویند، چون غیاث الدین اصرار ورزید که اینها را همه کس می‌شناسند، و می‌دانند که سادات اولاد پیامبرند و نزد مردم احترام دارند، امیر نجم به او گفت: ما سید سنی را سید نمی‌دانیم، در خراز حدود پانزده هزار تن قتل عام شدند، مساجد و مدارس ویران گردید، گروهی به مساجد پناه برده بودند، قزلباشان مسجدها را بر سر آنها به آتش کشیدند و همه را نابود کردند(5).
جنایت‌هائی که قزلباشان در خراز کردند بابر را از درخواست حمایت پشیمان کرد، و برآن داشت که از ادامة پیشروی‌های قزلباشان در ماو