
6- خيانت ترکان خاتون مادر سلطان: به نوشته نسوي ترکان خاتون قبل از فرار 22 تن از بزرگان همچون امام برها‌ن‌الدين محمد صدر جهان خطيب نامدار بخارا و برادرش افتخار جهان و غياث‌الدين غوري و جمال‌الدين عمر صاحب قرخش و پسران صاحب سقناق و پسر سلطان طغرل سلجوقي و صاحب بلخ و پسرش ملک بهرام‌شاه و صاحب ترمذ و علاء‌الدين صاحب باميان را به شهادت رساند و به اين ترتيب کساني که در روز مبادا هر يک بسان هزار مرد جنگي بودند را به باد فنا داد. اين مسئله باعث شد که حکمرانان محلي اعتمادي به خوارزمشاه نکنند همچنين مردان شايسته‌اي که کشته شدند اگر زنده مي‌ماندند مي‌توانستند با بسيج سپاه مغولان را درهم شکنند. 
7- آزادي مسلمانان ختن از دست گوچلک‌خان: گوچلک‌خان مسيحي سپس بودايي مسلمانان را بخصوص در کاشغر تحت شديدترين شکنجه‌ها و غارت‌ها قرار داده بود و با مجبور کردن آنها از دادن اذان و برگزاري نماز جلوگيري کرده و کليه مساجد و مدارس مسلمانان را تعطيل کرده بود. وي حدود سه هزار تن از علماي مسلمانان از جمله زاهدان و فقها را مجبور کرد که گردهمايي تشکيل دهند و مردم بسياري را دعوت مي‌کند تا بدين وسيله اسلام را لکه‌دار سازد. در آن ميان امام علاءالدين محمد ختني از اسلام دفاع کرده ضمن محکوم کردن گوچلک‌خان به دنبال هذيان گفتن او درباره پيامبر با گفتن خاک بر دهانت با وي به مقابله برمي‌خيزد. بدستور گوچلک‌خان آن امام را تا چهار روز گرسنه و تشنه و برهنه و دست بسته نگه مي‌دارند تا وي کافر شود اما آن مجاهد مقاومت مي‌کند. سپس او را بر در مدرسه‌اش به چهار ميخ مي‌کشند اما آن امام بزرگوار در آن شرايط نيز از نصيحت و ارشاد مردم باز نمي‌ماند. و تا روح در بدنش بود مردم را به پيروي از قرآن مجيد فرامي‌خواند و مي‌گفت: اي مردم، دنيا بازيچه‌اي بيش نيست، جهان باقي بر پرهيزکاران بهتر است آيا فکر نمي‌کنيد (انعام، 32) بعد از شهادت آن مجاهد سپاه مغول بر سر گوچلک‌خان مي‌ريزند و او فراري مي‌شود اما بالاخره دستگير و سر از تنش جدا مي‌شود. بعد از بر افتادن حکومت وي مغولان به اهالي ختن اجازه مي‌دهند که به دين خود باز گردند. اين مسئله يکي از علل پيروزي چنگيزخان بود. چرا که مسلمانان به علت اينکار او و همچنين وجود سپاهياني مسلمان در لشکر او وي را دشمن اسلام نمي‌شمردند. سلطان محمد که قصد داشت به عراق عجم رفته و با سپاهياني منظم به ماوراءالنهر برگردد به علت خيانت بعضي از فرماندهانش و همچنين لشکري که چنگيز در تعقيب او فرستاده بود موفق نشد که به بسيج سپاه بپردازد بالاخره به جزيره آبسکون در درياي مازندران مي‌رود در آنجا بر اثر اندوه و ناخوشي بدرود حيات مي‌گويد (بسال 418 ه‍. ق) سلطان محمد مردي فاضل بود، فقه و اصول و غيره را خوب مي‌دانست، علماء را دوست داشت ايشان را مي‌نواخت، به همنشيني با علماء و گوش دادن به مناظرات ايشان بسيار علاقه‌مند بود، در برابر سختي شکيبا بود در راهپيمايي خسته نمي‌شد و درنگ نمي‌کرد. به ناز و نعمت خويي نگرفته بود و به لذات روي نمي‌آورد، همه کوشش او در راه فرمانروايي و کارهاي کشورداري و نگهداري مردم و کشورش به کار مي‌رفت. وجود او براي اهل دين مايه بزرگي و خوشبختي و کاميابي بود. 1- شهر اُترار 20 هزار سپاهي داشت 50 هزار سپاهي فرستاده شد و غايرخان فرماندهي آنرا به عهده قراچه نيز با ده هزار نفر به آنها پيوست. جمعاً 80 هزار سپاهي. 
2- بخارا به اميري اختيارالدين به 20 هزار سپاهي، 30 هزار نفر به فرماندهي او غول حاجب معروف به اينانج به کمک اختيارالدين جمعاً 50 هزار سپاهي. 
3- سمرقند به سپاه اعزامي جمعاً 110 هزار سپاهي به همين ترتيب بلخ تخارستان و ترمذ و ديگر شهرهاي در معرض حمله مغول هر کدام با سپاهي جداگانه تقويت شدند. 
مقاومت تاريخي در مقابل مغول اهالي بعضي از شهرهاي ماوراءالنهر در مقابل مغول دست به مقاومتي زدند که در تاريخ جهان تقريباً بي‌سابقه است. از جمله در اُترار و خوارزم. مردم اُترار به فرماندهي غايرخان به مدت 5 ماه در مقابل مغول مقاومت مي‌کنند. ماندن غايرخان در اُترار جهاد بي‌مانند او با کفار مغولي اثبات مي‌کند که کشتن بازرگانان چنگيزي به دست وي نه بخاطر تملک اموال آنها بوده است بلکه واقعاً آنها جاسوس بوده‌اند و کارهايي کرده بودند که سزاوار مرگ بودند. در غير اين صورت غايرخان قطعاً فرار مي‌کرد و از آنجائي که از کينه چنگيز نسبت به خود آگاه بود، هيچگاه در اُترار نمي‌ماند. اما قهرمان هميشه زنده تصميم به مقابله مي‌گيرد. چنگيز براي اينکه بر اُترار تسلط يابد کليه راه‌هاي منتهي به آن شهر را به تصرف درآورد. بعد از پنج ماه جنگي بي‌امان يکي از فرماندهان به نام قراچه بر اثر کم شدن آذوقه و عدم اميد به رسيدن نيروي کمکي با عده‌اي از سپاهيانش هنگام غروب از دروازه صوفي خانه شهر خارج مي‌شوند، آنها توسط مغولان دستگير مي‌شوند. مغولان بعد از کسب اطلاعاتي از قراچه درباره محصورين او و همراهانش را مي‌کشند، زيرا آنها معتقد بودند کساني به کشور خود خيانت مي‌کنند انتظار وفاداري از آنها بيهوده است. غايرخان بعد از وارد کردن تلفات شديد به مغولان به علت تمام شدن تسليحات بالاخره اسير مي‌شود. بدستور چنگيز آن قهرمان را با ريختن نقره مذاب در چشم‌ها و گوش‌هايش به شهادت مي‌رسانند. بعد از آن مغولان همه اهالي را از شهر بيرون کرده آنجا را کاملاً غارت مي‌کنند. 
خوارزم: خوارزمي‌ها چهار ماه در مقابل مغول مقاومت کردند. مقاومتي که تا به حال در هيچ جاي جهان روي نداده است. طبق گفته جويني در حمله اول مغول به خوارزم حدود يکصد هزار تن از آنها به هلاکت مي‌رسند. تنها دو هزار تن از آنها موفق به فرار مي‌شوند. بالاخره چنگيز پسرش جوجي را با لشکري بزرگ به خوارزم مي‌فرستد، جوجي سه هزار تن از مغولان را مي‌فرستد تا آنها سد آب جيحون را تصرف کنند، ولي همگي آنها توسط مبارزين به هلاکت مي‌رسانند. علت اصلي سقوط خوارزم نبودن فرماندهي کارکشته بود. مردم خوارزم شخصي بنام خمار تکين را به عنوان سلطان خود تعيين کرده بودند اما اين شخص ضعيف‌النفس بالاخره به همراهي عالي‌الدين خياطي قاضي خوارزم تسليم مغول مي‌شوند، اما با اين حال مردم دست از مقاومت برنمي‌دارند. با تنگ‌تر شدن محاصره شهر و افتادن سد به دست مغول آنها سد جيحون را خراب مي‌کنند در نتيجه سيل ناشي از آن اکثريت اهالي شهر شهيد مي‌شوند. به اين ترتيب شهر خوارزم بعد از مقاومتي بي‌مانند توسط مغول اشغال مي‌شود. مغولان يکصد هزار تن از هنرمندان و صنعتگران را به مغولستان مي‌فرستند. آنچه زن و بچه بود را به بردگي مي‌برند. بقيه مردان را بين لشکر تقسيم مي‌کنند. براي هر نفر لشکر 24 نفر مي‌رسند که همگي را شهيد مي‌کنند. شهر بخارا در سال 616 در نتيجه دادن امان از طرف چنگيز به مردم تسليم مي‌شود. ولي وي دستور مي‌دهد که همه مدافعان دژ شهر را شهيد کنند. آنگاه دستور مي‌ده