ناصر مادی تمدن‌شان را در برابر عرب‌های صدر اسلام اینگونه حفظ کرده بودند، برای حفظ‌کردن بخش اندکی از عناصر مادی تمدن خویش از دست قزلباشان نیز به همین شگرد کهنه متوسل شدند.
رقابت‌های دیگر فقهای تازه‌وارد عرب با شیخ کرکی که از حمایت سرانِ متنازعِ قزلباش برخوردار بودند، سرانجام کار خودش را کرد و شیخ کرکی در سال 913 خ به مسمومیت از میان برداشته شد، ولی سال‌ها فعالیت‌های مداوم شیخ کرکی به او فرصت داده بود که چند مدرسه در نقاط مختلف کشور تأسیس کرده، ده‌ها مدرس را از جبل عامل و احساء و حِلّه به ایران وارد کرده، گروه‌هائی از جوانان را که از میان دسته‌جات تبرائی پرشور و شعف انتخاب شده بودند پرورش داده بود که می‌توانستند جای خالی او را پر کنند، او در طی این سال‌ها عقاید و افکارش را به شاگردانش املاء کرده به رشتة تحریر درآورد، و از این افکار چند جلد کتاب تهیه گردید که پس از او راهنمای شاگردانش شد، رقیبان تازه‌واردِ او نیز هرچند که او را از میان برداشتند، ولی با همان طرز تفکر و با همان کینه‌هائی وارد ایران شده بود که او شده بود؛ و راهش را پس از او دنبال کردند.
یکی از کارهای بسیار نتیجه‌بخش شیخ کرکی و همدستانش برای نشر مذهب شیعه در ایران آن بود که کودکان یتیم بی‌سرپرست را زیر قیمومت می‌گرفتند و پرورش مذهبی می‌دادند و به شیوة دلخواه خویش می‌پروردند، تا ادامه‌دهندة راه ایشان گردند. این ترتیب که به فرمان شاه تهماسب صورت می‌گرفت، آنگونه که اسکندر بیک می‌نویسد: چنان بود که در هر شهری چهل یتیم پسر و چهل یتیم دختر را تحویل می‌گرفتند، «ملبوس و مایحتاج تعیین فرموده معلم و معلمة شیعه‌مذهبِ پرهیزکار و خدمت‌کاران صلاحت‌شعار قرار داده تربیت می‌کردند؛ و در هنگامِ بلوغ، هرکدام را با دیگری تزویج داده، غیر بالغی را در عوض می‌آوردند»(11). به این ترتیب: کودکانی که در مکتب اینها تربیت می شدند، در آینده زوجهائی بودند که از طرفی عربی‌دان شده بودند، و از طرف دیگر با حفظ‌کردن تألیفات فقهای لبنانی، به طور کامل هم‌عقیدة این لبنانی‌ها بار آمده بودند، و در آینده راه و رسمِ مذهبیِ شیخ کرکی و فقهای لبنانی را در ایران دنبال می‌کردند.
تألیفات شیخ کرکی بعد از خودش اساس کار مدارس مذهبی صفوی قرار گرفت، و یک مذهب رسمی براساس آنها در ایران شکل گرفت که به تمامه مذهب خشنِ اسکندرون و لبنان و حِلّه بود. پروردگان مکتب شیخ کرکی پس از او دست به کار بازنویسی و اصلاح متون شیعه شدند، و عموم کتاب‌های مذهبی شیعه که از قرن چهارم به بعد در بغداد تألیف شده بود بازنویسی و اصلاح گردید، تا با اصول عقیدتی مذهب شیعیان جبل عامل و احساء و حله توافق یابد. جالب است بدانیم که در این راه حتی زندگی‌نامة شیخ صفی که توسط مریدانش تألیف شده بود نیز با حذف و اضافه‌های لازم بازنویسی شد، تا از شیخ صفیِ سنیِ شافعی یک شیعة تندرو هم‌عقیدة شیعیان قزلباش ساخته شود، این کار را یک ملای تبرائی به نام میر ابوالفتح انجام داد، میر ابوالفتح در مقدمة زندگی‌نامة بازنویسی‌شدة شیخ صفی الدین اردبیلی از این که به فرمان شاه تهماسب به کار بسیار مهم جرح و تعدیل و حذف و اضافه و بازنویسی زندگی‌نامة شیخ صفی پرداخته است، با افتخار می‌گوید که چونکه سیرة شیخ صفی را مرید سنی شیخ صفی نگاشته بوده، در آن چنان سخن رفته که گویا شیخ صفی سنی بوده است، و اینک او آمده تا آن کتاب را بازنویسی کند و تهمت سنی‌بودن را از شیخ صفی دور سازد. او در این باره می‌نویسد:
یکی از مخالفان و منافقان که در طریق اهل خلاف خالی از فضلی نبوده، و دعوی ارادت و عقیدت به این خاندان می‌نمود، کتابی در مقالات و کشف و کرامات ایشان [یعنی شیخ صفی] ترتیب داد، و چون در مذهب و اعتقاد تابع سنیان بود، و رائحة هدایت و حقیقت به مشام وی نرسیده بود، بعضی کلمات که مخالف مذهب حق امامیه و موافق ملت باطلة سُنیه بودند مذکور گردانید، و تا غایت [یعنی تا این زمان] این کتاب در میان خواص و عوام [یعنی شیعیان و سنیان] و خلفا و صوفیان مانده. بنابراین مقدمات، حضرت نواب کامکار [یعنی شاه تهماسب] بندة داعی و دعاگوی حقیقی – ابوالفتح حسینی – را مأمور گردانید که کتاب مذکور را تصحیح نماید(12).
ترتیباتی که شیخ کرکی و فقهای لبنانی در ایران ایجاد کردند، در سلطنت درازمدتِ شاه تهماسب (903 – 954 خ) یک لایة نوین اجتماعی را از بطن خود بیرون داد که در تاریخ ایران بعد از اسلام بی‌سابقه بود، این لایه رجال مذهبی شیعة صفوی بودند که به زودی لقب «روحانیت» به خود گرفت، (و این لقبی بود که برای نخستین بار در تاریخ ایران ایجاد شد) و سازمان و تشکیلات بسیار منظمی برای خود ایجاد کرد، تا با قبضه‌کردن روح و فکر نسل‌های دوم و سومِ شیعه‌شدگانِ ایران به یک اهرم قدرت سیاسی بسیار نیرومند تبدیل گردد، و نوعی دولت در دولت تشکیل دهد و در جریان‌های سیاسی کشور سهم عمده را ایفا کند.
شگفت آن که تشکیلاتِ کلیسائیِ تشیع صفوی از حیث محتوا و مضمون (نه عملکرد) شباهتی به دستگاه دینی ایران ساسانی داشت؛ و بسیاری از شرق‌شناسانِ قرن اخیر که در تاریخ ایران مطالعه کردند، به علت ناآگاهی از روند تاریخی تشیع صفوی، به گمان غلط افتادند که اختراعِ تشیع صفوی تلاشی از طرف ایرانیان برای احیای فرهنگ کهن ایرانی بوده است، و از آنجا که در عهد صفوی یک دولت واحد و متمرکز با یک مذهب رسمی در بخشی از ایران شکل گرفت، شرق‌شناسان گمان کرده اند که اصولا تشکیل دولت قزلباشان یک نهضت ایرانی برای بازگشت به ریشه‌های باستانی بوده است، در ایران نیز بسیاری از مطالعه‌گران تاریخ که از تحلیل و قایعِ عهدِ صفوی عاجز بودند، یا حوصلة خواند متون تاریخی نوشته شده در عهد صفوی را نداشتند، یا علاقه داشتند که قزلباشانِ تاتار را ایرانی بنامند(13)، یا صرفا نسخه‌بردارِ نوشته‌های غربیان بودند، بدون توجه به این که نه تنها تمامیِ قزلباشان از خارج ایران وارد ایران شده بودند و حتی زبان ایرانی نیز نمی‌دانستند، بلکه تمامی دستگاه دینی تشیع صفوی توسط عرب‌های وارده‌شده به ایران شکل داده شد نه توسط ایرانیان، تحت تأثیر نوشته‌های شرق‌شناسان واقع شدند و دولت صفوی را احیاءکنندة شاهنشاهی ایران دانستند.
این یک نگرش غلط بود. شاه صفوی همة خصوصیات شاهان سامی دنیای کهن را در خویشتن جمع داشت، شاهان دنیای کهنِ سامی عموما انبیای برگزیدة آسمان و مالک زمین‌ها و مردم کشورشان بودند، شاه صفوی نیز بزعم خویش نمایندة خدا در روی زمین و مرشد کامل و ولیِ مطلق بود که ادعای ارتباط مستقیم با عالم غیب داشت، فرمان شاه صفوی مثل شاهان سامی به مثابة فرمان آسمانی بود، و تخطی از آن گناهی نابخشودنی به شمار می‌رفت که هم مجازات دنیائی را در پی داشت و هم مجازات اخروی را، زیرا هرکس از شاه صفوی اطاعت نمی‌کرد و در سلک مریدان او نبود بی‌دین و کافر شمرده می‌شد، و علاوه برآن که می‌بایست در این