 قادر به جنگ تاتار، از جمله بخش عظیمی از قبیلة همین ذوالقدر برای چپاولگری رو به ایران آورده به قزلباشان پیوسته بودند، علاءالدوله قادر نبود که نیروی کافی برای حمایت از مراد بیک جمع‌آوری کند، و مراد بیک در بستان به انتظار نشست.
شاه اسماعیل وقتی شنید که مراد بیک در بستان پناه گرفته است، در تابستان 886 از طریق ارزنجان وارد خاک عثمانی شد، تا قلمرو علاءالدوله را از شمال مورد حمله قرار دهد، ارزنجان در آن هنگام بخشی از ایران بود، و ایران در غرب ارزنجان با کشور عثمانی همسایه می‌شد، شاه اسماعیل بدون توجه به عرف بین المللی، و بدون اطلاع دولت عثمانی با قزلباشانش وارد خاک عثمانی شد، البته او به قزلباشان دستور داده بود که آبادی‌های عثمانی سر راه را به هیچ وجه مورد تعدی قرار ندهند، و مایحتاج خود را با پرداختن قیمتش از مردم بخرند، ولی او آنقدر شعور سیاسی نداشت که بداند صرف واردشدن به خاک یک کشوری تجاوز به مرزهای آن کشور محسوب می‌شود، و می‌تواند دولت عثمانی را به جنگ او بکشاند، قزلباشان که خودشان اهل آناتولی بودند، و تا پیش از آن آزادانه در آناتولی رفت و آمد می‌کردند، و قبیله‌هایشان عموماً در خاک آناتولی ساکن بودند، خیال کرده بودند که این بار نیز مثل همیشه است، و با همان آزادی می‌توانند خاک آناتولی را زیرپا نهند و وارد کشور ذوالقدر شوند، خوشبختی قزلباشان در آن بود که آن هنگام در عثمانی بایزید دوم بر سر قدرت بود که سلطانی صلح‌جو و مسالمت‌دوست بود، بایزید وقتی خبر ورود قزلباشان به خاک کشورش را شنید، به همین بسنده کرد که یک سپاه را به شرق آناتولی فرستاد، و هیئتی را به نزد شاه اسماعیل اعزام کرد، و علت این که بدون اجازة دولت عثمانی وارد آن کشور شده است را جویا شد، شاه اسماعیل که تازه متوجه اشتباه سیاسی خودش شده بود، توسط منشی فارسی‌زبانش جوابی بسیار آرامبخش و خاضعانه به بایزید نوشت، و در آن متذکر شد که «پادشاه در حکم پدر من است، و من به سرزمین او چشم طمع ندارم»(13). او در این نامه موضوع‌هائی را مطرح کرده بود که به ظاهر به نظر بایزید قابل قبول می‌آمد، چون بایزید متوجه شد که شاه اسماعیل قصد حمله به بستان را دارد، بدش نمی‌آمد که علاءالدوله در این حمله از بین برود یا تضعیف شود، تا او در فرصتی سرزمین وی را ضمیمة کشور عثمانی کند، شاه اسماعیل سپس به سرعت وارد خاک ذوالقدر شد، و علاءالدوله را که هیچگاه فکر نکرده بود ممکن باشد که از راه کشور عثمانی به کشورش تعدی شود، غافلگیر کرده مورد محاصره قرار داد، علاءالدوله شکست یافته به نواحی کوهستانی گریخت، و شاه اسماعیل بر بُستان دست یافت، و شهر را پس از تاراج به آتش کشید، شهرهای مرعش و خربوط نیز به روال بستان منهدم گردیدند، پس از آن شاه اسماعیل به شهرهای اخلاط و بدلیس در کردستان شمالی حمله برد، و حکام آن شهرها را به اطاعات کشاند، او پس از این فتوحات آبادی‌های جنوب غرب آمُد را که پیشترها جزو قلمرو اوزون حسن بود ضمیمة دیاربکر و ارزنجان کرد، حاکمیت ارزنجان در این هنگام در دست یکی از قزلباشان تاتار به نام خان محمد استاجلو بود.
پس از برگشت شاه اسماعیل به آذربایجان علاءالدوله به بستان برگشت، و با خان محمد استاجلو وارد جنگ شد، ولی در دو جنگ طی یک سال دو پسرش را از دست داد و نیروهایش به تحلیل رفت، و ناامید شده دست از ادامة جنگ کشید، پس از آن کمک او به مراد بیک بایندر نیز منتفی شد.
شاه اسماعیل در تابستان 887 هیئتی را با هدایا و خلعت و کلاه و کمر قزلباش به بغداد فرستاد، و از باریک بیک پُرناک خواست که به اطاعت درآید، باریک بیک در این زمان هیچ راهی جز حفظ حاکمیتش را در پیش نمی‌دید، و بهترین راه در آن یافت که اطاعت از شاه اسماعیل را قبول کند، او هیئت اعزامی شاه اسماعیل را با احترام پذیرفت، و خلعت‌هائی را که شاه اسماعیل برایش فرستاده بود قبول کرد، و کلاه قزلباش بر سر نهاده رسماً به سلک دست‌نشاندگان قزلباشان درآمد، او همچنین هیئتی را با هدایای گرانبها همراه فرستادگان شاه اسماعیل به تبریز فرستاد تا مراتب اطاعت او را به شاه اسماعیل برسانند، شاه اسماعیل به زودی وی را به تبریز طلبید، باریک بیک با خود اندیشید که شاه اسماعیل قصد بدی در بارة او دارد، و می‌خواهد وی را زیر فشار بگذارد تا دست از مذهب خودش بکشد و شیعه شود، لذا کلاه قزلباش را کنار نهاده، بغداد را آمادة دفاع در مقابل حملة احتمالی قزلباشان کرد.
شاه اسماعیل در مهرماه 887 به عراق لشکر کشید، آن بخش از افراد سپاه باریک بیک که شیعیان عراق بودند، آمادگی کامل داشتند که در جنگ به قزلباشان بپیوندند، در نتیجه همراه با حملة شاه اسماعیل به بغداد در ارتش باریک بیک شورش درگرفت، و باریک بیک که خود را در خطر می‌دید خانواده اش را برداشته به حلب گریخته به دولت مملوکی پناهنده شد، مردم بغداد – از شیعه و سنی – داوطلبانه تسلیم شاه اسماعیل شدند، قزلباشان پس از دست‌یابی بر بغداد بر مردم آن شهر همان درآوردند که با مردم دیگر شهرهای ایران کرده بودند، همة افراد قبیلة پرناک قتل عام شدند و خانه‌هایشان تخریب شد، کلیة فقها و مدرسان و علما و دانشوران سنی بغداد به دستور شاه اسماعیل دستگیر شدند، و زیر فشار قرار گرفتند که تغییر مذهب دهند؛ و آن عده که می‌خواستند دین‌شان را نگاه دارند از دم تیغ گذشتند، و اموال و املاک‌شان به تصرف قزلباشان درآمد و خانه‌هایشان تخریب شد، قزلباشان در بغداد چندین روز مشغول کشتار و تخریب بودند، و چندان مردم کشتند و به دجله افکندند که – به نوشتة مداحات شاه اسماعیل – آب دجله به رنگ خون درآمد(14).
از آنجا که بغداد از قرن دوم هجری به بعد مهمترین مرکز تمدن اسلامی بود، در آن شهر صدها بنای مهم تاریخی از مسجد و مدرسه و گنبد و بارگاه وجود داشت که در طول قرنها بنا شده بود، صدها تن از بزرگان تاریخ اسلام در آن شهر خفته بودند، و گنبدهای مجللشان در کنار مدارس و مساجد بازمانده، از دوران عباسی و دیلمی و سلجوقی به بغداد زیبائی مسحورکننده‌ئی می‌بخشید، قزلباشان همة بناهای تاریخی شهر بغداد را منهدم ساختند، یک نمونه از رفتار قزلباشان با بناهای تاریخی بغداد که مربوط به رفتار آنها با آرامگاه ابوحنیفه (رئیس مذهب حنفی) است، این آرامگاه عبارت بود از یک مسجد و یک مدرسة بزرگ با بنای مجللی که بر گور ابوحنیفه ساخته شده بود، رفتار قزلباشان صوفی با این بنای عظیم تاریخی یک نمونه از رفتار آنها با عناصر مادی تمدن در بغداد و دیگر شهرهای عراق و ایران است، شاه اسماعیل دستور داد این بنای عظیم را منهدم ساخته با خاک یکسان کردند، گور ابوحنیفه را شکافتند، استخوان‌های ابوحنیفه را از گور برآوردند، و جای گورش چاهکی کنده لاشة سگی را به جای ابوحنیفه در تهِ چاهک افکندند؛ و در بغداد ندا در داده شد که هرکس در این مستراح قضای حاجت کند 25 دینار تبریزی پاداش خواهد گرفت(15). 
با سقوط بغداد تصرف دیگر 