 بسيار توانسته بود اهالي چند شهر مانند هرات و شيراز را به تغيير مذهب وادار کند ولي بعد از جنگ چالدران و شکست شاه اسماعيل اکثر مردم به مذهب خود برگشتند بخصوص در هرات مردم تغيير مذهب داده‌ها را کشتند و دوباره مذهب اهل سنت را برقرار کردند. در دوران شاه طهماسب نيز به علت ضعف وي و وجود سلاطين مقتدري همچون سلطان سليمان باشکوه صفويه هيچگاه جرأت نکرد دست به قتل‌‌عام اهل سنت بزند. بعد از شاه طهماسب اول پسرش اسماعيل دوم به حکومت ايران رسيد. اين شاه جوان که توسط معلمي اهل سنت از هرات تربيت شده بود بسياري از سران قزلباش و تجاوزکاران به جان و مال مردم ايران را به قتل رساند. کساني که نسبت به صحابه بي‌ادبي کرده بودند را تنبيه نمود و اهل سنت را اکرام نمود. اما بزودي به طرز مرموزي به قتل رسيد. بعد از او برادرش سلطان محمد ميرزا با لقب خدابنده به حکومت ايران رسيد. بعد از برکناري سلطان خدابنده توسط شاه عباس اول سلطان مراد سوم عثماني به قفقاز را از صفويه گرفت و شاه عباس اول را در سال 1590 ميلادي (999 ه‍. ق) وادار به پذيرش قرارداد صلحي نمود که وي را مجبور کرد از تبليغات صفوي در آناتولي دست بکشد و در ايران نيز از هر گونه آزار و اذيت اهل سنت خودداري کند. شاه عباس اول با راه‌اندازي کودتايي بر سر کار امده پدرش شاه محمد خدابنده را کنار زده و او را همراه با دو برادر باقيمانده‌اش که بعداً نابينايشان کرد از پايتخت تبعيد کرد. اين شاه جنايتکار در طي حکومت چهل و دو ساله خود بقدري در ايران جنايت کرد که شرح آن جنايت‌ها خود به کتاب قطور جداگانه‌اي نياز دارد. بقول نصرالله فلسفي وي در طريق پيشرفت کار سلطنت و براي مرعوب ساختن مدعيان خويش بي‌اندک ملاحظه و ترحم و ترديد، هر کس را که به حقيقت يا به گمان، مانع فرمانروايي مطلق و مخالف اراده شخصي خود ديد، از ميان برداشت. پانصد جلاد، از مردان درشت استخوان قوي هيکل بلند قامت بدروي داشت که کلاه‌هاي بزرگ با دستاري سرخ گرد آن پيچيده بر سر مي‌نهادند با ريش‌هاي تراشيده و سبيل‌هاي بزرگ خنجرآسا رئيس اين دژخيمان شيخ احمد آقا را چنين توصيف کرده‌اند. در اين منصب (داروغگي قزوين) دکاني در آن شهر براي بريان‌پزي و کباب‌فروشي گشوده بود و هر کس را که به تهمت دزدي و راهزني مي‌گرفت در آن دکان به تنور گداخته مي‌انداخت يا به سيخ مي‌کشيد. شاه عباس چون بر مردم شهر يا ولايتي خشم مي‌گرفت، شيخ احمد آقا و يارانش را بر سر ايشان مي‌فرستاد و اين گروه که به خونريزي و مردم‌کشي خو گرفته بودند، آن مأموريت را به دلخواه شاه و بلکه شديدتر از آنچه او اشاره کرده بود، انجام دادند. گروه ضربت شيخ احمد آقا، در گيلان که به فرمان شاه عباس مردمش، به علت حمايت از چند امير طغيانگر محکوم به قتل‌عام شده بودند. جناياتي مرتکب شد که موي بر اندام راست مي‌کند! تا حدي که مؤرخان درباري، با همه ملاحظات و ترس و وحشت از ابراز نفرت خودداري نمي‌کنند. نصرالله فلسفي به نقل از نقاوة الآثار در کتاب زندگاني شاه عباس اول مي‌نويسد: 
شيخ احمد آقا آنچه مقتضاي غضب و قهر جانسوز شهريار بود کرد و شيوه‌اي که نفس بد آموزش تقاضا داشت بر آن افزود و کار سفاکي را در آن ولايت (گيلان) بدانجا رسانيد که زنان از ترس او بچه افکندند و بعضي زنان را که اين حالت واقع نشد، شکم ايشان را شکافت و بچه‌ها را به درآورده و بر سر نيزه کرد... بر هيچ يک از آن قوم ابقا ننمودند و حتي اطفال و زنان و شيخ و پير و شاب جوان آن جماعت را به تيغ بي‌دريغ گذارنيدند. اطفال را در مهد دو پاره مي‌کردند (1).
زنده‌خواران(2) : اين مجازات شوم و نفرت‌انگيز که از مجازات مغول بود بدست شاه اسماعيل اول زنده شد و شاه عباس هم آنرا با رسم خاص به اجرا درآورد. دسته آدمخواران چيگين يا گوشت خام‌خور ناميده مي‌شدند. سردسته زنده‌خواران شاه عباس شخصي بنام ملک علي سلطان بود. آن فرقه آلت دست شاه عباس گناهکاران واجب التعذير را از يکديگر مي‌ربودند و لب‌ها و گوش‌هاي ايشان را به دندان قطع نموده بلع مي‌فرمودند، همچنين بقيه اعضاي بدن ايشان را به دندان انفصال داده مي‌خوردند و غيره.... 
يکي ديگر از شيوه‌هاي شاه عباس و برخي از شاهان صفوي اين بود که وقتي به سرداران و اعضاي بلند پايه خود به هر دليلي خشم مي‌گرفتند وابستگان و اطرفيان قرباني را نيز قتل‌عام مي‌کردند. يکي از همراهان برادران شرلي از مناظري که روز ورود شاه عباس به قزوين ديده روايت مي‌کند(3) : همين که به قدر نيم فرسخ از شهر دور شديم. يک تماشايي ديدم که ندرتاً ديده مي‌شود. سربازهاي شاه را ديديم از ده هزار سرباز، دوازده هزار سر بريده بر روي نيزه‌هاي خود زده، و بعضي‌ها گوش‌هاي آدم را به ريسمان بسته از سينه خود آويخته بودند. در اصفهان نيز همين وضع برقرار بود. قتل مردم و سربازان ساکن در قلعه گنجه سال 1015 ه‍. ق کشتار زنان ومردان مقيم در قلعه شماخي سال 1016 ه‍. ق قتل‌عام بيش از هفتاد هزار نفر از مردم بي‌گناه گرجستاني در جريان خوران شاه خانم که شاه عباس نديده عاشق او شده بود و به اسارت بردن يکصد و سي هزار پسر و دختر گرجي، زجر و کشتار شاعران و هنرمندان در سراسر حکومت صفويه همچون شب تاريکي براي شعر فارسي بوده است. صدها شاعر آزاد انديش، چنان در جو هولناک متعصبان اين سلسله محو و نابود شده‌اند که حتي اثري از آثار آن بدست نيامده است. از جمله تفريحات شاه عباس اول يکي آن بود که به پدر دستور مي‌داد پسرش را بکشد. اگر امتناع مي‌کرد به پسر دستور مي‌داد پدرش را بکشد، اگر او نيز خودداري مي‌کرد، به ديگري دستور مي‌داد که آندو را بکشد سپس بازماندگان و اموال مقتولين را به تصرف خود در می آورد. سياست مذهبي عباس اول به پشتيباني موروثي از شيعيان و تعقيب اهل سنت به اتهام هواخواهي از عثماني‌ها و ازبک‌ها و اعطاي آزادي و امکانات فراوان به مسيحيان و ديگر فرقه‌هاي غير اسلامي قرار داشت. اسير کردن زنان و اطفال قلعه‌اند خود، کشتار گيلاني‌ها و تمامي مردم قبيله مکري از مراغه تا مياندوآب، شکنجه و آزار مردم سمنان بخصوص بريدن گوش و بيني علماي اهل سنت ناحيه سرخه سمنان و خوراندن آن به مردم، کشتار و اذيت همداني‌ها و شهيد کردن محمود دباغ پيشواي اهل سنت آن ديار – کشتار در قلعه دمدم اروميه بسال 1019 ه‍. ق کشتار اهالي کرد ماکو بخصوص طايفه محمودي به مدت ده روز بسال 1014 ه‍. ق در اين کشتار قلعه دامنکوه ماکو به اشغال شاه عباس درمي‌آيد و کليه پناه‌جويان آن به قتل مي‌رسند اما قلعه ميانکوه به علت پايداري بيش از حد از اشغال مصون مي‌ماند. قتل‌عام اهل سنت بغداد و... آنچه که نوشته شد تنها گوشه‌هاي کوچکي از جنايات بي‌شمار شاه عباس کبير!! است و همچنان که قبلاً تذکر داده شده در اين مورد کتابي جداگانه مورد نياز است که نوشته شود. 
.....................................
(1) زندگاني شاه عباس، اول صفحه 268-269. 
(2) همان منبع، صفحه 470. 
(3) سفرنامه برادران شرلي، صفحه 67 و 83. برادران 