ه خلافت با تراشيدن موي سر يکي از خادمان مهر خلافت را بر سرش حک مي‌کند. بعد از آنکه موي سر آن خادم رشد مي‌کند وي را بسوي چنگيزخان همراه نامه‌ايي دال بر اينکه در صورت حمله او به ايران خلافت عباسي از او حمايت خواهد کرد، مي‌فرستد. روحانيت وابسته به خلافت مانند اهل تصوف و شيوخان بعنوان ستون پنجم دشمن روحيه جنگاوري را از مسلمانان مي‌گيرند. آنها حديث زير از زبان پاک رسول اکرم -صلى الله عليه وسلم- بد تفسير ميكردند يا ان را تحريف كرده و توسط آن مخالفين خلافت عباسي را مرتد اعلام مي‌کردند(2). «هر کس که بميرد و به امامي بيعت نکند، گويي نظير مردگان جاهليت است» (3). 
سلطان محمد هم که اهل فقه بود و با علماي بزرگواري همچون شهاب‌الدين خيوقي دانشمند معروف و مشهور در فقه و طب هميشه مجالست داشت، از بزرگان دين چاره خواست و آنها فتواي زير را دادند: 
«هر امام که بر نظاير حرکات غير شرعي حرکت کند، امامت او بر حق نيست و هر مسلماني که ياوري اسلام کند و روزگار به جهاد صرف کرده باشد، اگر اراده کند مي‌تواند چنين امامي را خلع و امامي ديگر را جانشين او سازد. بعلاوه سادات حسيني بر خلافت شايسته‌ترند و خاندان آل عباس آن را غصب کرده‌اند». 
سلطان با همين مجوز نام خليفه را در تمام کشور از خطبه فروافکند. 
در سال 614 ه‍. ق چنگيزخان اولين هيئت خود را نزد سلطان محمد مي‌فرستد. هيئت چنگيزخان بعد از ابلاغ درودهاي چنگيز به سلطان گفتند که چنگيز او را بهترين فرزند خود در دنيا مي‌داند و اين پيام نيت واقعي چنگيز را مي‌رساند. مسئله‌اي که سلطان بخوبي متوجه آن مي‌شود. ناگفته نماند که سلطان محمد نيت فتح چين را داشت و به دنبال فرستادگان چنگيز خودش نيز فرستادگاني به چين پيش چنگيز مي‌فرستد تا از نيروي واقعي او باخبر شود. در سال 615 جمعي از جاسوسان چنگيز بنوشته نسوي در قالب تجار به ماوراءالنهر مي‌آيند. امير اُترار بنام غايرخان وقتي حرکات آنها را مي‌بيند يقين حاصل مي‌کند که آنها جاسوسند. قضيه را به سلطان گوشزد مي‌کند و از او اجازه کشتن آنها را کسب مي‌کند بعد از آن همه آنها را که بين 450 تا 500 نفر بودند را مي‌کشد. به استثناي يک نفر که موفق به فرار مي‌شود و قضيه را به گوش چنگيز مي‌رساند. چنگيز از خوارزمشاه غايرخان را مي‌خواهد ولي سلطان خودداري مي‌کند. چنگيز با لشکري انبوه در پاييز سال 616 ه‍. ق بين ششصد تا هفت صد هزار نفر به سوي ايران رهسپار مي‌شود. ولي محققين جديد لشکر چنگيز را بين 150 تا 200 هزار نفر دانسته‌اند والله اعلم. 
پيشنهادهاي ارائه شده در شوراي مشورتي سلطان محمد براي مقابله با مغول: 
1- پيشنهاد امام شهاب‌الدين خيوقي علاوه بر نيروهاي موجود بايد به اطراف نامه‌ها نوشته شود و دستجات جديدي به زير سلاح فراخوانده شوند، و با لشکريان فراوان در آن سوي سيحون سپاهيان مغول را که راهي طولاني پيموده و خسته به آنجا مي‌رسند، با يک تعرض عمومي و جنگ جبهه‌اي بطور قطعي نابود کرد. امام معتقد بود که اين بهترين راه است و جمع‌آوري نيرو براي سلطان کار آساني بود. 
2- پيشنهاد دوم اين بود که سلطان بايد شخصاً فرماندهي لشکريان را بدست گيرد. طبق پيشنهاد بايد براي دفاع از خراسان و عراق در ماوراءالنهر با مغول جنگيد اين پيشنهادي بود که سلطان جلال‌الدين طرفدار آن بود. 
3- پيشنهاد فرماندهان نظامي: به دشمن اجاز داده شود تا آزادانه از ماوراءالنهر بگذرد، وقتي وارد گذرگاه‌هاي کوهستاني شد کليه راه‌ها به روي او مسدود شود و با محاصره کردن آن گذرگاه‌ها دشمن را به نابودي کشيد. 
4- بطرف غزنه رفته و در آنجا مقاومت کنند در صورت عدم موفقيت به هند عقب‌نشيني کنند و در آنجا مبارزه را ادامه دهند. اين کار منجر به نابودي امپراطوري مي‌شد. 
5- دفاع از ماوراءالنهر بدين ترتيب که هر شهري با قواي خويش و پادگان تقويت شده اينکار را انجام دهد. و سلطان هم با گردآوري لشکر و تجهيزات به ياري آنها خواهد آمد. اين نقشه تصويب مي‌شود. 
.........................................
(1) الکامل ابن اثير، جلد 27، ص 302-299. 
(2) جهانگشاي جويني، ص 213. 
(3) اين حديث در صحيح بخاري به معنى و در صحيح به اين لفظ آمده است: «وَمَنْ مَاتَ وَلَيْسَ فِي عُنُقِهِ بَيْعَةٌ مَاتَ مِيتَةً جَاهِلِيَّةً». تصحيح كننده.1- خلافت عباسي: با حمايت معنوي و تبليغات روحانيت وابسته به نزد خود (در شهر بخارا عامل اصلي سقوط شهر امام جمعه شهر بود. همچنين در شهر خوارزم امام جمعه شهر عليرغم مقاومت مردم خود را به مغول تسليم کرد.) شيخ مجدالدين زناکار در سال 612 بدستور سلطان کشته شده بود اين امر باعث شد که شيخ نجم‌الدين کبرويه مؤسس مذهب کبرويه هوادارانش را به عدم مقاومت فراخواند. 
2- ملاحده: در اين زمان ملاحده به سرکردگي جلال‌الدين حسن اسماعيلي که به ظاهر از آيين اسماعيلي دست برداشته و به نو مسلمان معروف شده بود، ايلي چنگيزخان را مي‌پذيرد و دست در دست او و دستگاه خلافت بر عليه خوارزمشاه دست بکار مي‌شود. از آنجا که افراد ملاحده عقيده باطني خود را آشکار نمي‌کردند، و از تقيه استفاده مي‌کردند براحتي قادر بودند که در ميان دشمنانشان نفوذ کرده و اخبار دسته اول را از آنها کسب کنند. آنها بدستور خليفه يکي از فرماندهان بزرگ سلطان محمد بنام اغلمش را قبلاً به شهادت رسانده بودند. 
3- خيانت وزير سلطان محمد‌: نظام‌الملک ناصرالدين بعد از عزل از طرف سلطان در حمله چنگيز به خوارزم به وي مي‌پيوندد و اسرار حکومتي را براي او فاش مي‌کند. 
4- خيانت بدرالدين عميد: وي نايب وزارت در اُترار بود، بعد از فتح اُترار به دست چنگيز به پيش وي مي‌رود و تمامي مسائل داخلي خوارزمشاهيان از جمله اختلاف مادر و سلطان را يک به يک به چنگيز خبر مي‌دهد و با نوشتن نامه‌هاي دروغين از طرف امراي سلطان به چنگيز و تأييد آن نامه‌ها از سوي چنگيز نامه‌ها را به جاسوسي مي‌دهد و وي در لباس راهب‌ها کاري مي‌کند که توسط مأموران سلطان دستگير شود. بعد از دستگيري و کشف نامه‌ها، سلطان محمد به امرايش بدبين مي‌شود، بخصوص که در همان موقع سوء قصدي نيز به جان سلطان مي‌شود که با هوشياري يکي از نوکرانش جان سالم بدر مي‌برد همچنين در هنگام گذشتن سلطان از جيحون حدود هفت هزار نفر از سپاهيانش هوادار مادرش از او جدا شده به مغول‌ها مي‌پيوندند. اين کار باعث مي‌شود که سلطان ديگر به فرماندهانش اطمينان نکند. 
5- خيانت برخي از فرماندهان: فرماندار قندوز بنام علاءالدين با سپاهش به مغول مي‌پيوندد. در اُترار فرمانده قراچه با همراهانش با خروج از شهر و دادن اطلاعات به مغول باعث اشغال آن شهر مي‌شوند. لشکرهايي را که سلطان براي کمک به شهرهاي محاصره شده مي‌فرستد خيانت مي‌کنند يا به مغول‌ها مي‌پيوندند يا فرار مي‌کنند. شهر نيشابور با خيانت ملاحده اشغال مي‌شود. هيچ شهري بدون خيانت به تصرف چنگيز درنمي‌آيد. شهر سمرقند بعد از تسليم شدن پنجاه هزار نيروي خوارزمي به تصرف چنگيز درمي‌آيد. 